样品是非破坏性的，在许多情况下定量分析的准确度约为样品中给定元素含量的1-2%（生物材料中是5-10%）；
能够获得x-ray扫描图像，能够把微区成分和微区形貌进行对照，可以比较感兴趣的不同区域的相对成分。解决材料显微不均匀性的问题，成为研究亚微观结构的有力工具。
对于某些不稳定的生物和有机材料，分析时质量损失很大，有时高达90%。元素损失也会发生，特别是有机基体中的轻元素。如果样品保持在低温状态，质量和元素损失可以减少到忽略不记的程度。
由于电子束产生的x射线通常来自直径和深度均大于1μm的体积中，所以一般没有必要利用直径非常小的探针。
历史发展 1913年 Moseley发现特征X射线辐射的频率是发射元素原子序数的函数（莫斯莱定律），这个发现导致了X射线谱化学分析技术的产生。
1941年电子显微分析仪的设想首次获准专利 1949年法国Castaing在Guinier的指导下论述和制造了一台电子探针仪器，并其博士论文中，论证了在样品表面的确定区域进行化学分析是可行的。他发展了物理理论，使分析人员可以把测得的X射线强度转换为化学成分，他提出了一个基于强度比较的分析法，也就是将样品中某元素所发射的特征X射线强度Ii与标样中相同元素在同一电子轰击条件下所发射的特征x射线强度I(i)相比较，两个读数的比值正比于分析区域内该元素的质量浓度。许多学者认识到X射线强度转变为化学成分的复杂性，因此致力于发展Castaing提出的定量分析的理论处理方法。
同时苏联的Borovskii也研制了一台设计上完全不同的电子探针。
在五十年代初期，无论是美国还是欧洲，几种电子探针都处于实验室发展阶段。
1956年 第一台商品化的电子探针由法国CAMECA公司推出，是以Castaing在Recherches Aeronautiques实验室制造的那台电子探针为基础进行设计的。（静止的电子探针工作）用光学显微镜精确地选择分析部位，用波谱分析特征X射线波长和强度。
1956年英国剑桥大学Cavendishi实验室的Cosslett和Duncumb设计和制造了第一台扫描电子探针。
扫描功能的引入，使得电子探针越来越普及。并且应用领域越来越广，电子束与物质相互作用的各种激发现象逐渐被揭露和应用。
并最终产生商品化的扫描电子显微镜！
布拉格发展了波长分光技术 1968年Si（Li）固体探测器由Fitzgerald等人引入到扫描电镜中，并得到长足发展 亨利·莫斯莱（Henry Gwyn Jeffreys Moseley，1887年11月23日-1915年8月10日），原子序数的发现者。
莫赛莱在第一次世界大战中阵亡。莫斯莱实验也第一次提供了精确测量Z的方法。
莫斯莱定律：ν=C(Z-σ)2 ，特征X射线频率与发射X射线的原子的原子序数平方之间存在线性关系。
威廉·亨利·布拉格（Sir William Henry Bragg ，1862—1942），英国物理学家，现代固体物理学的奠基人之一 威廉·亨利·布拉格(右)和他的儿子 威廉·亨利·布拉格与其子威廉·劳伦斯·布拉格通过对X射线谱的研究，提出晶体衍射理论，建立了布拉格公式（布拉格定律），并改进了X射线分光计。1915年诺贝尔物理学奖授予英国伦敦大学的亨利·布拉格和他的儿子英国曼彻斯特维克托利亚大学的劳伦斯·布拉格，以表彰他们用X射线对晶体结构的分析所作的贡献。布拉格这个名字几乎是现代结晶学的同义词。
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