（一）资金来源受到限制。小额贷款公司的资金来源被限定在股东缴纳的资本金、捐赠资金，以及来自不超过两个银行等金融机构的融入资金。目前还没有国有商业银行贷款支持小额贷款公司的信贷政策，银行信贷资金主要是用于法人经济实体及个人消费和生产经营者，按银监金“三法一指引’’要求，贷款实行“实贷、实付”，监督借款人的贷款资金用途，防止不按合同约定被挪用，贷款不会直接流入小额贷款公司。
（二）经营风险较大。虽然小额贷款公司执行的贷款利率比较灵活，但由于不能吸纳存款，不能开展贷款以外的其它业务，并且放贷对身份信用等级较低、风险评估较难的小企业，其内部控制机制和风险评价机制不完善，而且由于小额贷款公司不属于金融机构，不能加入人民银行的征信系统，导致小额贷款公司无法对客户的不良信息进行有效识别，因此小额贷款公司对不良贷款的控制难度较大。
（三）经营者素质参差不齐。小额贷款公司部分从业人员是向社会招收的，缺少必要的金融理论和实际知识，且没有系统的业务培训。
（四）处于监管盲区。由于小额贷款公司不是金融机构，银监局不能管，政府目前似乎是其主管部门，面对《公司法》他们不能也不应管，这种状况使得小额贷款公司处于监管盲区。